تم استحداث قسم التسجيل وشؤون الطلبة في جامعة الفلوجة في بداية عام 2015، ويتألف القسم من ثلاث شعب تتفرع منهما وحدات لكل شعبة وبأربع كوادر من الموظفين إضافة إلى رئيس القسم:

1. شعبة التسجيل:

تقوم شعبة التسجيل بالمهام التالية:

- استلام قوائم القبول المركزي للطلبة المتخرجين من الدراسة الإعدادية الصادر من وزارة التعليم العالي والبحث العلمي وتوزيعها على كليات الجامعة والمرفق معها الحدود الدنيا لكل سنة.

- الإشراف على قبول الطلبة المتقدمين على كافة قنوات التقديم والتي تشمل (القبول المباشر، القبول المسائي، التعليم الموازي الخاص الصباحي، .... الخ ) وحسب التعليمات الواردة من قبل وزارة التعليم العالي ولكل سنة.

- متابعة اعتراضات الطلبة وتعديل ترشيحهم وعملية انتقال الطلبة بين الجامعات العراقية والنقل من خارج العراق.

- إصدار الأوامر الجامعية للخريجين ونشرها على الموقع الإلكتروني للجامعة.

2. شعبة شؤون الطلبة: وتتألف من الوحدات التالية:

1) وحدة صحة الصدور: من مهام هذه الوحدة هو تدقيق صحة صدور الوثائق العائدة لخريجي الجامعة بحسب الكتب الواردة من الوزارات ودوائر الدولة كافة، والكشف عن حالات التزوير في الوثائق وإبلاغ الجهات المعنية بذلك.

2) وحدة الإحصاء والمعلوماتية: تقوم وحدة الإحصاء والمعلوماتية بإعداد بيانات خاصة للطلبة المقبولين والمسجلين فعلا ًوالمباشرين وكذلك المشاركين في الامتحانات النهائية ونسب النجاح والطلبة المعدل ترشيحهم والمنقولين من والى الجامعة، مع عمل خطة سنوية للقبول للدراستين الصباحية والمسائية بالتعاون مع قسم التخطيط والمتابعة في رئاسة الجامعة.

3) وحدة الحفظ والأرشفة: تعمل هذه الوحدة على حفظ وأرشفة الكتب الواردة إلى القسم من الوزارات ودوائر الدولة كافة وكليات الجامعة وكل ما يخص الطلبة وتعميمها على كليات الجامعة والأقسام كافة.

3. شعبة الوثائق وصحة الصدور: وتتألف من الوحدات التالية:

1) وحدة تدقيق الوثائق: تقوم هذه الوحدة بتدقيق الوثائق الصادرة من كليات جامعتنا، كما تقوم بتدقيق الأوامر الجامعية لخريجي الجامعة لكل سنة ولكافة الأدوار.

2) وحدة التصديقات: من مهام عمل هذه الوحدة هو تصديق وثائق الطلبة والجداريات الصادرة من جامعتنا، ومتابعة وحدات الوثائق ومبالغ التصديق والأختام في كليات الجامعة.